Criado pelo Decreto-Lei n.º 36/2017, de 28 de março, o GPIAAF é uma entidade da administração central, com independência jurídica e administrativa, que visa assegurar as obrigações do Estado Português no que respeita à investigação de acidentes e incidentes na aviação civil e no transporte ferroviário. 

Alicerça a sua atuação em princípios de independência, rigor, eficiência e interesse público, e  aplica a regulamentação e boas práticas internacionais em matéria de investigação de acidentes e incidentes, com o objetivo único de contribuir decisivamente para incrementar a segurança destes modos de transporte, não se dedicando nunca à procura ou atribuição de culpas ou responsabilidades.